Факультет «Информационные технологии и автоматизированные систем» создан в 1987 году.
Стратегическими приоритетами развития факультета ИТиАС являются:
1. реализация учебного процесса, соответствующего уровню мировых стандартов, обеспечение высокого качества образования на основе широкого использования во всех сферах деятельности инновационных технологий образований;
2. развитие ИТиАС как факультета исследовательского инновационного типа, деятельность которого ориентирована на опережающие научные исследования, их определяющее влияние на содержание учебного процесса и инновационный подход к обеспечению развития факультета;
3. подготовка и воспитание педагогических кадров высшей квалификации в соответствии со стратегическими приоритетами развития университета.

Специальности:

230102 – «Автоматизированные системы обработки информации и управления»
220301 – «Автоматизация технологических процессов и производств (по отраслям)»
220201 – «Управление и информатика в технических системах»
220401 – «Мехатроника»

Направления:

230100 – «Информатика и вычислительная техника»
220400 – «Управление в технических системах»
220700 – «Автоматизация технологических процессов и производств»
221000 – «Мехатроника и робототехника»

На факультете сформирована научная школа в области алгоритмизации, моделирования и системного анализа процессов и систем переработки сырья животного происхождения. В этом направлении проводятся научные исследования и осуществляется подготовка кадров высшей квалификации – кандидатов и докторов наук.
Факультет поддерживает международные контакты с Болгарией (Пловдивский высший институт пищевкусовой промышленности), где проводилась студенческая практика по договору об обмене студентами, а также с университетами Германии (Пассау, Эрлаген, Нюрнберг, Мюнхен) в части проведения студенческих практик.
Факультет подготовил большое количество научных кадров (кандидатов и докторов наук) для России, стран СНГ и дальнего зарубежья. Среди них директор ВНИИМП, д-р техн.наук, академик, вице-президент РАСХН Лисицын А.Б., ректор университета Фрезоргер (Казахстан) и др.

Научно-технический прогресс в перерабатывающих отраслях АПК в начале 80-х годов привёл к созданию сложных автоматизированных и роботизированных систем, обеспечивающих комплексную безотходную переработку животноводческого сырья в широком ассортименте продуктов пищевого, медицинского и технического назначения. Возникла необходимость создания информационных технологий и широкого их внедрения в управление предприятиями, в научные исследования и в процессы обучения. В связи с этим, в 1987 году на базе Механического факультета и специальности Автоматизации технологических процессов и производств был создан факультет Автоматизации биотехнических систем (АБС). Первым деканом факультета с 1987 по 1999 гг. был профессор кафедры «Вычислительной техники и АСУ» Протопопов Игорь Иванович, выпускник кафедры Автоматизации производственных процессов, в последующем проректор по учебной работе университета.
С 1999 года по настоящее время декан – профессор кафедры Компьютерных технологий и систем Шутов Сергей Алексеевич. Обязанности заместителя декана выполняет доцент той же кафедры Никитина Марина Александровна.
За время своего существования факультет прошёл четыре этапа развития:
С 1987 по 1993 годы – становление специальности Автоматизация технологических процессов и производств в обрабатывающих отраслях АПК;
С 1994 по 1999 годы развития факультета и создание специальности Автоматизированные системы обработки информации и управления, расширение международного сотрудничества со смежными факультетами университетов Германии и Болгарии;
С 2000 по 2007 годы – укрупнение базы факультета, аккредитация специальности Автоматизированные системы обработки информации и управления, создание бакалавриата по Информатике и вычислительной технике и открытие диссертационного совета по двум базовым направлениям;
С 2008 года – реорганизация факультета, переход на образовательные стандарты нового поколения, расширение бакалавриата до трёх смежных направлений создание и аккредитация магистратуры, открытие новой специальности – Управление и информатика в технических системах, перерегистрация диссертационного совета с возможностью защиты докторских диссертаций, внедрение информационных технологий в учебный процесс.