Одной из сторон специфики деятельности МГУПП является процесс формирования профессиональных образовательных программ. Главное заключается в том, что цели образования, тип реализуемых профессиональных образовательных программ формируется в результате деятельности самого университета, а не поступает извне в «готовом» виде. МГУПП не только реализует образовательные программы определенного типа, но и формирует эти программы.

• МГУПП вышел с инициативой, обосновал, провел необходимую подготовительную работу по включению в Перечень специальностей высшего профессионального образования РФ новых специальностей «Технология продуктов детского и функционального питания», «Пищевая инженерия малых предприятий», «Технология и дизайн упаковочного производства», и одним из первых в России начал подготовку по этим специальностям. Востребованность выпускников по этим специальностям подтверждает, что МГУПП провел эту работу весьма своевременно.
• МГУПП выступил инициатором, разработал и первым в России внедрил в образовательные программы подготовки инженеров-технологов для пищевой промышленности такие новые курсы, как «Пищевая химия», «Безопасность продовольственного сырья и пищевых продуктов», «Пищевые и биологически активные добавки»; издал по этим курсам первые в России учебники. Безусловным признанием этой деятельности стало включение этих курсов в качестве федерального компонента в государственные образовательные стандарты ВПО РФ по специальностям пищевого профиля.
• Разработаны и реализуются концепция гуманитарной подготовки специалистов (всех профилей подготовки) и концепция химического образования специалиста в области пищевых технологий; программа и требования к различным видам практики (учебной, производственной, преддипломной), являющейся обязательным элементом подготовки выпускника к практической профессиональной деятельности, разработано и внедрено более 70 новых курсов.
• С целью фундаментализации профессиональной подготовки реализована программа создания учебно-производственного комплекса по основным процессам пищевых технологий и минипивзавода, учебно-научно-производственного центра на БКК «Звездный».
• С целью усиления исследовательской компоненты при реализации профессиональных образовательных программ создан учебно-научный центр МГУПП «Биохимия и биотехнология» в институте биохимии им. А.Н. Баха РАН в рамках реализации программы интеграции науки и образования, реализуется договор о сотрудничестве с институтом биохимической физики им. Н.М. Эммануэля РАН. Различные аспекты этой интеграции, имеющей существенное значение для повышения качества образования и конкурентоспособности выпускников в условиях рыночной экономики, были представлены в 12 докладах на межвузовской научно-методической конференции «Содержание образования и технологии обучения – место и роль в системе обеспечения качества подготовки специалистов» (МГУПП, 2005 г.).
• В университете реализуется комплекс программ элитной подготовки с получением сертификата или дополнительной квалификации для наиболее одаренных студентов (комплексная программа, сопряженная с основной образовательной программой – 650 час; отдельные дополнительные образовательные программы (от 72 до 1500 час) – «1 С: Предприятие 8.0»; «Переводчик в сфере профессиональной коммуникации»; Мастер-класс «Пищевые добавки и хлебопекарные улучшители»; «Маркетинг в научно-производственной сфере»; «Веб-дизайн» и др.; комплексные целевые программы («адресное» обучение по заказу работодателя). Особенностью элитной подготовки является индивидуальная траектория обучения с учетом специфики заказника, а также «встроенное» обучение, учебная и производственная практика и стажировки в ведущих зарубежных университетах и фирмах. Первый выпуск по комплексным программам элитной подготовки состоялся в 2005 г.
• Совершенствование технологий реализации содержания образования. Наряду с традиционными образовательными технологиями все шире используются технологии, основанные на методах научно-технологического творчества и современных информационных средствах (электронные учебники, мультимедиа системы, АРМ, САПР, АСНИ, банки и базы данных и др.), включающие в том числе обучение на основе игровых моделей, учебных дискуссий, экспертных систем, интеллектуальных тренажеров, контролирующих, обучающих, моделирующих и управляющий программ, а также систем обучения профессиональным навыкам и умениям. Расширяется использование в учебных целях телекоммуникационных (сетевых) образовательных технологий, основанных на применении «Интернет», а также региональных, отраслевых и локальных сетей. На межвузовской конференции (2005 г.) преподавателями МГУПП были представлены примеры реализации новейших образовательных технологий более чем 20 докладах и сообщениях.
• В университете создана и реализуется система обеспечения качества образования и управления качеством подготовки специалистов, издан пакет документов и методические рекомендации по ее реализации, включающие критерии, факторы и показатели деятельности подразделений университета в области обеспечения качества, программу деятельности МГУПП в системе обеспечения качества, требования к аналитическому отчету подразделений университета в области обеспечения качества подготовки специалистов, алгоритм принятия решений в системе управления качеством подготовки специалистов и др. Дважды в течение 5 лет проводится конкурс среди кафедр и институтов (факультетов) университета в области обеспечения качества.