В университете создана и реализуется система обеспечения качества образования и управления качеством подготовки специалистов, издан пакет документов и методические рекомендации по ее реализации, включающие критерии, факторы и показатели деятельности подразделений университета в области обеспечения качества, программу деятельности МГУПП в системе обеспечения качества, требования к аналитическому отчету подразделений университета в области обеспечения качества подготовки специалистов, алгоритм принятия решений в системе управления качеством подготовки специалистов и др.

Эти документы определяют функциональные обязанности службы «Мониторинг качества образования» и экспертного совета вуза, осуществляющих анализ и оценку деятельности подразделений по обеспечению качества образования, а также функциональные обязанности руководителей различного уровня в системе обеспечения качества подготовки специалистов.

Дважды в течение 5 лет проводится конкурс среди кафедр и институтов (факультетов) университета в области обеспечения качества.